Πολλοί σύγχρονοι σχολιαστές, όχι καλά πλnροφορημένοι σχετικά με τις πραγματικότητες της πρώιμης νεωτερικής φυσικής φιλοσοφίας, υποθέτουν ότι αυτές οι περί θεού συζητήσεις, περί θεϊκών ιδιοτήτων, και περί των δεδηλωμένων διασυνδέσεων ανάμεσα στη φυσική φιλοσοφία και τη θεολογία ήσαν απλώς μια υποκριτική αφοσίωση προς τις καταπιεστικές θρησκευτικές αρχές των ημερών. Υποθέτουν ότι n σύγκρουση του Γαλιλαίου με τn Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία ήταν παραδειγματική για τη σχέση ανάμεσα στην επιστήμη και τη θρησκεία εκείνον τον καιρό, και ότι οι επιστήμονες αγωνίζονταν να απελευθερωθούν από τα δεσμά και το φίμωμα που επέβαλλε η εκκλnσιαστική εξουσία. Αλλά ακόμα και του Γαλιλαίου η περίπτωση δεν ταιριάζει σε αυτό το καλούπι. Τα προβλήματα του Γαλιλαίου προήλθαν από τις απόψεις του σχετικά με τη σχετική αυθεντία της Αγίας Γραφής και της επιστήμης και από τη διαφωνία του με αρχές της βιβλικής ερμηνείας, και όχι από κάποια γενική αντίθεση της Εκκλησίας προς την επιστήμη. Στο ιστορικό πλαίσιο τnς ισχυρής αντίδρασης της Εκκλησίας ενάντια στη Μεταρρύθμιση, η φαινομενικά λογική τοποθέτηση του Γαλιλαίου ήταν φορτωμένη με ακούσια διαμφισβητούμενους ισχυρισμούς. Επιπλέον, η Καθολική Εκκλησία ήταν ένας από τους μεγαλύτερους προστάτες των επιστημών κατά τον δέκατο έβδομο αιώνα, και πολλά μέλη της Εταιρείας του Ιησού, των Ιησουιτών, συνέβαλαν πολύ στην αστρονομία και τη φυσική φιλοσοφία της εποχής. Περαιτέρω, στη μετά τη Μεταρρύθμιση Ευρώπη, δεν υπήρχε πια μία εκκλησία που να επιβάλλει κάποια κομματική γραμμή στους μελετητές και τους λογίους.